La nomenclatura HGVS (Human Genome Variation Society), le raccomandazioni per la descrizione delle varianti di sequenza nelle sequenze di DNA, RNA e proteine, è autorizzata dalla Human Genome Organization (HUGO), sotto la responsabilità del Comitato per la nomenclatura delle varianti HGVS (HVNC).
La descrizione di una variante è preceduta dall’utilizzo di un prefisso (lettera in minuscolo seguita da un punto) che indica il tipo di sequenza di riferimento utilizzata.
Sequenza genomica di riferimento (g.)
- Il prefisso g. indica la sequenza genomica lineare di riferimento.
- Essa include tutte le molecole di DNA lineare
Sequenza di riferimento del DNA codificante (c.)
- Le sequenze di riferimento di DNA codificante sono indicate con il prefisso c.
- La sequenza di riferimento comprende la sequenza di DNA codificante (CDS) e le regioni 5′ e 3′ UTR.
- Le varianti indicate con il prefisso “c.” e il primo nucleotide del codone di inizio è considerata come posizione +1. Es. c.235G>C indica che si è verificata una sostituzione di una guanina con una citosina in posizione 235 della sequenza codificante.
- Quando si vuole indicare una variante intronica, si utilizzano come punti di riferimento i nucleotidi degli esoni fiancheggianti l’introne seguiti da +/- se la variante è dopo o prima dell’esone fiancheggiante, rispettivamente. Es. c.235+1G>A indica una sostituzione di una guanina con una adenina del primo nucleotide del sito donatore di splicing di un esone che termina in posizione 235 della sequenza codificante; invece c.345-3A>C indica una sostituzione di una adenina con una citosina del terzo nucleotide del sito accettore di splicing di un esone che inizia con il nucleotide in posizione 345 della sequenza codificante. Per NC_ or NG_ reference sequences il trascritto utilizzato deve essere riportato tra parentesi, es. NC_(NM_): c.235+1G>A or NG_(NM_): c.235+1G>A
Sequenza di riferimento genomica circolare (o.)
- Le sequenze di riferimento genomiche circolari sono indicate con il prefisso o.
- Le sequenze genomiche circolari di riferimento comprendono, ad esempio, la sequenza del plasmide.
Sequenza di riferimento mitocondriale (m.)
- Le sequenze di riferimento genomiche mitocondriali sono indicate con il prefisso m.
- Una sequenza mitocondriale di riferimento è un tipo di sequenza genomica circolare di riferimento.
- Homo sapiens mitochondrion, complete genome (GenBank NC_012920.1) è la sequenza di riferimento di mtDNA umana consigliata.
Sequenza di riferimento del DNA non codificante (n.)
- Le sequenze di riferimento del DNA non codificante sono indicate con il prefisso n.
- Include la trascrizione di un gene che non codifica una proteina.
- In una sequenza di riferimento di DNA non codificante non sono inclusi gli introni o le sequenze che fiancheggiano il gene in 5′ e 3′, quindi essa non può essere utilizzata per fornire una descrizione delle varianti trovate a livello intronico e a monte e a valle del gene.
IMPORTANTE: In questo breve report sono state riportate alcune informazioni inerenti l’attuale consenso delle raccomandazioni a livello internazionale. Per informazioni complete consultate le linee guida. Inoltre è importante sottolineare le parole riportate su VarNomen: “Per ulteriori domande, commenti o esempi di casi non ancora trattati, con un suggerimento su come descriverli, è possibile contattare VarNomen@HUGO-int.org “ (Trovate i siti nella bibliografia).
Bibliografia
- Den Dunnen et al. 2016, Hum. Mutat. 37:564-569.
- http://www.hgvs.org/content/guidelines
- http://varnomen.hgvs.org/bg-material/refseq/
- Neri, G. & Genuardi, M. (2014). Genetica umana e medica, Terza edizione.
